Los programas de evaluación de la calidad institucional tienen como objetivo general la garantía de calidad en la estructura de centros en las Universidades, desarrollando programas para la mejora de la calidad en sus actividades y servicios, y para el reconocimiento de sus sistemas de garantía interna de calidad.
En la actual programación anual de actuaciones están activos los siguientes programas en este ámbito:
Para desarrollar estos programas, ACSUCYL cuenta con una Comisión de Evaluación de la Calidad Institucional , a la que se une una Comisión de Evaluación del Programa Docentia específica designada conjuntamente por ACSUCYL y ANECA.